为落实国务院医药卫生体制改革重点工作任务，逐步提高农村居民重大疾病医疗保障水平，2012年9月6日云南省卫生厅印发：《云南省12种重大疾病按病种付费试点工作实施方案（试行）》，《实施方案（试行）》本着逐步扩大重大疾病病种范围，实行分级救治，病种定额付费，提高农村居民医疗保障水平，确定将肺癌、食道癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、慢性粒细胞性白血病、急性心肌梗塞、脑梗死、血友病、I型糖尿病、甲亢、唇腭裂等12种重大疾病纳入按病种付费试点工作，从2012年9月1日开始执行。《实施方案（试行）》根据卫生部临床路径和诊疗规范及我省近年医药费用水平，分类测算，合理确定省级定点救治医院各重大疾病医药费用的定额支付标准，要求各州市参照省级定点救治医院定额支付标准和当地前三年该病种费用情况，制定本州（市）、县（市、区）定点救治医院定额支付标准，统筹地区内县（市、区）根据资金结余情况，可适当提高在州（市）和县（市、区）定点救治医院住院治疗的补偿比例。患者按病种定额支付标准的30%支付自付金额，新农合管理部门对在定点救治医院重大疾病患者全程住院医药费用按定额支付标准的70%定额支付，不设起付线，超出定额支付标准的费用由定点医院自行承担。

《实施方案（试行）》同时规定：因自动出院、转科、转院、死亡等特殊原因，重大疾病患者中途退出主要治疗且医药费用未达到定额支付标准的50%或住院天数小于等于该病种平均住院天数的一半，按实际发生的住院医药费用，按新农合统筹补偿方案规定结算。符合医疗救助条件的，医疗救助再按比例支付。如患者住院期间发生重大并发症，治疗费用超过包干费用的200%，经与当地合管办协商，超出定额部分按当地新农合补偿政策补偿。慢性粒细胞性白血病患者可在指定的省级定点医疗机构门诊开展口服伊马替尼（商品名：格列卫）或尼洛替尼（商品名：达希纳）治疗，并参与由上海诺华贸易有限公司和中华慈善总会开展的“格列卫/达希纳患者援助项目（GIPAP/TIPAP）共助计划”。唇腭裂等有援助项目支持的重大疾病，先由援助项目减免后，剩余医药费用再按照定点救治医院定额支付标准进行补偿支付。

在就诊方面规定：重大疾病原则上应在有条件和能力救治的县（市、区）级定点救治医院就诊，县（市）级定点救治医院无条件救治的可申请转诊至州（市）级或省级定点救治医院治疗。重大疾病未经转诊审批到上级定点救治医院就诊按原补偿方案执行。重大疾病患者携带参合证、身份证（或户口簿）、转诊审批表（统筹区域内除外）等到定点救治医院就诊，定点救治医院审查患者参合信息，对确诊为按病种付费范围的重大疾病患者，开具入院通知单，标注“新农合重大疾病”，按重大疾病类别进行管理。重大疾病患者入院时，按该病种定额支付标准的30%预交住院费用。重大疾病患者出院时，按该病种定额支付标准的30%结清个人自付费用。重大疾病患者介入或外科手术救治，按照相关临床路径和诊疗操作规范使用药物和诊疗项目，不受我省新农合报销药品目录和诊疗项目目录的限制。